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Microbiome et microbiote en santé

Innovez sur le marché des thérapies du microbiome

Les équipes d’Alcimed explorent depuis plus de 10 ans le marché du microbiome humain et animal, et celui du microbiote, en particulier du microbiote intestinal. De la R&D jusqu’à la mise sur le marché de leurs produits, nous accompagnons nos clients dans la réalisation d’états de l’art scientifiques, l’orientation des programmes de R&D, la recherche de partenaires, la définition de stratégies commerciales ou le lancement de nouveaux produits.

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microbiome microbiote Agence Cabinet Experts Spécialistes Conseil ConsultingLes enjeux liés au microbiome et au microbiote en santé

  • Qu’est-ce que le microbiome et qu’est-ce que le microbiote ?

Le terme microbiote désigne les micro-organismes de l’écosystème humain (bactéries, protozoaires, champignons).  Les micro-organismes sont présents au nombre de 100 000 milliards environ dans le corps humain, et peuplent toutes les surfaces. Le tube digestif en compte le plus grand nombre, et notamment le gros intestin. Ils représentent un poids d’environ un kilogramme dans cet organe, soit 35 à 50% du contenu intestinal : c’est le microbiote intestinal humain, auparavant appelé flore intestinale. Notre peau est également couverte d’une diversité de micro-organismes, on parle alors de microbiote cutané.

Le terme de microbiome est souvent utilisé comme synonyme de microbiote. Toutefois, pour les plus puristes, le microbiome désigne la totalité des gènes de ces micro-organismes. Ce terme a été introduit en 2001 par Joshua Lederberg, généticien et microbiologiste américain, et lauréat du prix Nobel de médecine en 1958. Le corps humain serait ainsi considéré comme un organisme à double génome, humain et microbien.

  • Quels sont les enjeux liés au microbiome en santé ?

Le microbiome est depuis quelques années un sujet de travail important pour de nombreux secteurs d’activité et industries, dont la santé. Le microbiote intestinal humain en particulier constitue une importante découverte scientifique de ces dernières années et son essor a été rendu possible grâce au développement des techniques de séquençage à haut débit et des technologies omiques permettant l’analyse du génome des micro-organismes, couplée à des capacités informatiques bien plus importantes qu’auparavant. L’intérêt pour le microbiote intestinal se reflète dans le nombre de publications scientifiques sur le sujet qui ont plus que doublé ces dix dernières années.

On a ainsi découvert le rôle essentiel du microbiome dans le fonctionnement de l’organisme. Les bactéries du microbiote intestinal ne transforment pas seulement les aliments en nutriments énergétiques, mais elles contrôleraient également le métabolisme osseux, la réparation épithéliale, la maturation des vaisseaux, la synthèse de vitamines, d’enzymes et de neurotransmetteurs. Elles joueraient un rôle de barrière contre les micro-organismes pathogènes et de destruction de substances toxiques. Enfin, le microbiote intestinal participe également au développement et à la maturation du système immunitaire et du système nerveux central et pourrait avoir un rôle dans la modulation du comportement.

Ces découvertes ouvrent la voie à de nouveaux marchés pour le microbiome et notamment à des solutions thérapeutiques innovantes. Les principaux enjeux pour l’industrie pharmaceutique, les biotechs et l’ensemble de la recherche se cristallisent autour :

En raison de leur rôle essentiel dans le fonctionnement de l’organisme, la rupture de l’équilibre de la population bactérienne présente dans l’intestin, donc du microbiote intestinal, pourrait être à l’origine de la survenue d’un grand nombre de maladies chroniques telles que les maladies inflammatoires de l’intestin, les maladies métaboliques, les troubles psychiques, les troubles neurologiques, les allergies, etc. On retrouve en effet dans plusieurs maladies la présence en grand nombre de certaines bactéries plutôt que d’autres, et une diversité plus faible de bactéries. La survenue de certains cancers pourrait également être liée au microbiome.

Quels sont les mécanismes à l’œuvre sur le déclenchement et l’évolution des maladies chroniques en lien avec le microbiote ?
On sait que les 1000 premiers jours de la vie d’un enfant sont déterminants pour son développement et la santé de l’adulte qu’il deviendra, et cela est vrai également pour le microbiote intestinal humain. De nombreuses études cliniques montrent que le nombre et la diversité de la population du microbiote augmente considérablement lors des trois premières années de la vie de l’enfant. Tous les facteurs influant sur le microbiote, ainsi qu’un retard ou une modification dans son implantation, ont des effets importants sur le futur adulte et joueraient un rôle dans l’apparition de maladies chroniques. De même, l’accouchement par césarienne qui empêche la mère de transmettre son microbiote vaginal au bébé, pourrait augmenter le risque d’émergence de maladies immunitaires.

Quelles approches mettre en place pour favoriser le développement du microbiote chez les enfants ?
La restauration de l’équilibre du microbiote devient un enjeu majeur pour développer de nouveaux traitements, basés sur l’alimentation et la transplantation de microbiote. Des régimes personnalisés au microbiote de chaque individu pourront être développés à titre préventif et curatif, couplés à la prise de probiotiques et prébiotiques. La transplantation fécale à visée thérapeutique est également une option, qui est aujourd’hui efficace contre des infections intestinales telles que celles à Clostridium difficile. Alors que la transplantation fécale a été reconnue comme un médicament en France, plusieurs essais cliniques sont en cours pour tester l’efficacité de cette option thérapeutique dans des pathologies telles que la maladie de Crohn, le syndrome de l’intestin irritable (autrefois appelé "syndrome du côlon irritable") ou les maladies du foie. Au-delà de la sphère gastro-intestinale, le rééquilibrage du microbiote est également envisagé comme traitement complémentaire de cancers, de maladies du système nerveux central, etc.

A l’avenir, quelles seront les options thérapeutiques, au-delà de la transplantation fécale ?
Le métabolisme de certains médicaments comme la digitaline, les statines, certains traitements contre le cancer pourrait être modifié par la composition du microbiote du patient : le microbiome jouerait donc un rôle dans la réponse à un traitement médicamenteux, et par suite dans l’efficacité de ce traitement. A l’avenir, les interventions thérapeutiques pourraient être décidées en fonction de la composition du microbiote de chaque individu. La bio-analyse du microbiome pourrait permettre une stratification des patients, la surveillance de l’évolution de certaines maladies et l’état de santé des patients. Il serait ainsi possible de stratifier les répondeurs aux traitements et les non-répondeurs. Les études scientifiques en cours pourraient permettre d’envisager le développement de biomarqueurs issus du métabolisme des bactéries et la quantification de ces dernières.

Quelles évolutions de la médecine personnalisée sont à prévoir dans les années-à-venir avec la prise en compte du microbiote ?

Le marché du microbiome humain devrait atteindre 1,598 milliard de dollars d’ici à 2028 et un taux de croissance annuel de 21,3% entre 2025 et 2028.

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Comment nous vous accompagnons dans vos projets liés au microbiome et au microbiote ?

Alcimed aide ses clients à saisir les opportunités de cet univers, et notamment du marché du microbiome humain, en plein essor. Nous accompagnons différents acteurs de la santé, à la fois humaine et animale, tels que des sociétés biopharmaceutiques et pharmaceutiques européennes, nord-américaines et asiatiques, mais également des CRO et des start-ups.   Nous accompagnons également des industriels d’autres secteurs comme l’agroalimentaire et la cosmétique dans l’exploration des opportunités offertes par le microbiome, et ce dans le monde entier.

Nos projets se concentrent autour de nombreux états de l’art mais couvrent aussi des thématiques diverses telles que le lancement de produits et la stratégie commerciale, le positionnement stratégique, les études de marché et l’élaboration de business plans, l’analyse concurrentielle et l’évaluation d’opportunités, la recherche de partenaires.

Les types de projets que nous menons pour nos clients dans ce domaine sont :

  • État de l’art
  • Lancement produits
  • Stratégie commerciale
  • Workshop
  • Positionnement stratégique
  • Stratégie d’innovation
  • Business plan
  • Étude de marché
  • Recherche de partenaires
  • Analyse concurrentielle
  • Business development
  • Évaluation d’opportunité

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EXEMPLES DE PROJETS RÉCENTS MENÉS POUR NOS CLIENTS DANS LE DOMAINE DU MICROBIOME EN SANTÉ

L’objectif de notre client, acteur de l’industrie pharmaceutique, était d’identifier et d’analyser de nouvelles opportunités parmi les approches et produits liés au microbiome cutané. Notre équipe a dressé le tableau global du contexte du marché du microbiome et des approches, développements et tendances qui s’y rapportent. Notre investigation a permis de dégager les différentes options stratégiques pour notre client, ainsi que les produits / services / communications / partenariats associés. Ces options ont ensuite été priorisées dans un workshop collaboratif. Le résultat pour notre client ? Une stratégie de positionnement novatrice sur ce marché du microbiome cutané, et un plan d’action associé.
Un de nos clients de l’industrie pharmaceutique souhaitait identifier et cartographier les principaux acteurs actifs dans le domaine des microbiotes, avec un accent mis sur l’aire thérapeutique de la gastroentérologie. Pour ce faire, notre équipe a adopté une méthodologie en trois étapes. Une première étape a consisté à cartographier les différents centres et structures d’intérêt sur le sujet (centres d’excellence, biotechs, PME, prestataires de services, etc.) et déjà positionnés ou ayant une expérience dans le champ des microbiotes avec applications en gastroentérologie. La deuxième étape a ensuite eu pour objectif d’évaluer les forces principales des acteurs les plus pertinents pour notre client. Enfin, les acteurs les plus intéressants pour un partenariat et une collaboration ont été sélectionnés, en fonction des besoins et des objectifs de notre client. Ce dernier a donc pu identifier les meilleurs partenaires pour commercialiser son nouveau produit.
Notre équipe a accompagné un de nos clients actif dans le monde de la santé animale dans le développement de sa stratégie mondiale en matière de gestion des infections et de la santé intestinale en lien avec le microbiome. Alcimed a effectué une recherche documentaire sur le marché des antibiotiques, de ses tendances et de ses alternatives dans le cadre des infections bactériennes. Cette première recherche a été complétée par des interviews auprès internes et externes auprès de KOLs sur le sujet. Nous avons ainsi pu assembler un rapport complet sur l’état actuel de la gestion des infections intitulé « Facts & Insights in Infection Management & Gut Health », ainsi qu’identifier et classer les opportunités potentielles à creuser. Enfin, une analyse fine de ces opportunités et l’animation de l’intelligence collective à travers plusieurs workshops nous ont permis de formaliser des recommandations stratégiques pour notre client et sa direction.
L’objectif de la start-up que nous avons accompagnée était d’explorer les possibilités de la transplantation de microbiote fécal (TMF) dans le cas des maladies infectieuses. Notre client avait besoin de premiers éléments solides pour orienter sa R&D, définir des premiers projets d’applications thérapeutiques prometteurs, et susceptibles de convaincre un investisseur. Pour cela, notre équipe a réalisé un état de l’art des publications médicales sur le sujet du microbiote intestinal, a identifié les maladies infectieuses présentant une dysbiose induite par les antibiothérapies ou les agents infectieux, et a réalisé plusieurs interviews avec des utilisateurs et des non-utilisateurs de la TMF dans le champ des maladies infectieuses. Enfin, notre équipe a évalué les opportunités potentielles de la TMF en infectiologie en construisant des business cases modèles. Avec l’ensemble de cette analyse, nous avons pu aider notre client dans la définition de sa stratégie R&D grâce à une meilleure compréhension des pratiques actuelles et des besoins non satisfaits dans le domaine de la TMF. Il a de plus bénéficié d’arguments étayés pour ses prochaines campagnes de levée de fonds.

Créée en 1993, Alcimed est une société de conseil en innovation et développement de nouveaux marchés spécialisée dans les secteurs innovants : sciences de la vie (santé, biotechnologie, agroalimentaire), énergie, environnement, mobilité, chimie, matériaux, cosmétiques, aéronautique, spatial et défense.

Notre vocation ? Aider les décideurs privés et publics à explorer et développer leurs terres inconnues : les nouvelles technologies, les nouvelles offres, les nouveaux enjeux géographiques, les futurs possibles et les nouvelles manières d’innover.

Répartie dans nos 8 bureaux dans le monde (en France, en Europe, à Singapour et aux Etats-Unis), notre équipe est composée de 220 explorateurs de haut niveau, multiculturels et passionnés, ayant une double culture scientifique/technologique et business.

Notre rêve ? Être 1000, pour dessiner toujours plus avec nos clients le monde de demain.

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