Le pouvoir du microbiome : une nouvelle aire thérapeutique !

Thérapies du microbiome : quelles sont les dernières avancées ?

Avez-vous déjà entendu parler du microbiome ? Saviez-vous que le microbiome est indispensable pour conserver une bonne santé mais également pour le traitement de certaines pathologies humaines ? Et qu’il est considéré comme le deuxième génome humain ? La médecine moderne fait face à de nouveaux défis dans le traitement de maladies notamment dus à une plus grande résistance aux antibiotiques ou à la prise en compte de la variabilité inter-individus de la réponse à un médicament. Face à ces enjeux, de plus en plus de preuves suggèrent le fort potentiel des thérapies du microbiome. Dans cet article, nous présentons les principaux points forts du développement de ces nouvelles approches.

L’importance de la recherche sur le microbiome

Le microbiome fait référence aux génomes de l’ensemble des micro-organismes comme les parasites, bactéries, champignons et virus localisés sur ou dans de nombreux organes du corps humains, en particulier notre peau, nos yeux et nos intestins. Ces microorganismes sont généralement inoffensifs, 80% sont même bénéfiques pour la santé.

Le microbiome humain peut assurer des fonctions métaboliques et synthétiques essentielles à la santé humaine, notamment la régulation du système immunitaire et l’aide à la digestion. Afin d’obtenir une caractérisation complète du microbiome humain et d’analyser son rôle dans la santé et les maladies humaines, le Projet de Microbiome Humain (HMP) a été soutenu par le fonds commun du National Institutes of Health de 2007 à 2016.

La phase initiale du projet, HMP1, établie en 2008, a permis de caractériser les communautés microbiennes de 300 individus en bonne santé, sur cinq sites corporels majeurs : les voies nasales, la cavité buccale, la peau, le tractus gastro-intestinal et le tractus urogénital. La deuxième phase iHMP a pour but de créer des ensembles de données longitudinales intégrées provenant à la fois du microbiome et de l’hôte. Cette phase va exploiter les données issues de différentes approches « omiques » de trois études de cohortes différentes étudiant des pathologies associées au microbiome.

L’une des études porte sur les maladies inflammatoires de l’intestin et vise à comprendre comment le microbiome intestinal humain évolue au fil du temps chez les adultes et les enfants atteints de ces pathologies.


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Le microbiome intestinal, le second génome humain

Pourquoi le microbiome intestinal suscite-t-il l’intérêt des chercheurs ? Pour comprendre ce point, nous devons passer en revue ensemble quelques faits concernant le microbiome intestinal :

  • Le génome humain est constitué d’environ 30 000 gènes2 alors que notre microbiome code plus de 3 millions de gènes, dont la plupart sont situés dans l’intestin.
  • 70 % du système immunitaire humain est situé dans l’intestin3 et le microbiome intestinal est une barrière qui aide le système immunitaire à combattre les agents pathogènes.
  • Le microbiome intestinal semble associé à diverses maladies humaines touchant le cerveau (dépression, troubles du spectre autistique), les poumons (asthme allergique), la peau (dermatite atopique), le système gastro-intestinal (colite ulcéreuse, maladies inflammatoires) ainsi que le diabète de type 2.

Des thérapies du microbiome (TMB) sont actuellement en cours de développement pour prévenir les infections récurrentes à Clostridium difficile (C. Diff), qui sont principalement contractées dans les hôpitaux et provoquent diarrhée, déshydratation, fièvre et perte de poids. Ces TMB devraient améliorer la qualité de vie des patients et réduire la charge du système de santé.

Le développement de thérapies du microbiome intestinal

Bien que des questions scientifiques attendent encore d’être approfondies, les investisseurs dans ce domaine ont déjà perçu le potentiel des thérapies basées sur le microbiome. Plus de 260 entreprises et 900 programmes de recherche participent au développement de thérapies basées sur le microbiome.

De nombreuses start-up (par exemple, SERES Therapeutics, NOVOME Biotechnologies, Maat Pharma), axées sur la recherche et la thérapeutique du microbiome, ont vu le jour ces dernières années. Par exemple Maat Pharma, une société française de biotechnologie basée à Lyon, a pour objectif de devenir le leader du secteur pour le traitement des déséquilibres du microbiote intestinal et a mis en place une collaboration translationnelle entre le monde universitaire, l’INRA (Institut national français de la recherche agronomique) et l’industrie avec pour concevoir sa plateforme microbiome.

De grandes entreprises pharmaceutiques (par exemple, Takeda, Johnson & Johnson, Merck) ont investi dans des partenariats avec ces startups. Merck s’est notamment associé à 4D Pharma, une société de biotechnologie basée au Royaume-Uni, pour utiliser sa plateforme microbiologique afin de créer une nouvelle catégorie de vaccins qui délivrent des bactéries vivantes dans l’intestin. Merck travaille également avec 4D Pharma et Evelo Biosciences pour évaluer si le microbiome intestinal pourrait renforcer les effets de son médicament Keytruda (pembrolizumab), un inhibiteur d’un point de contrôle du système immunitaire.

Les thérapies basées sur le microbiome possèdent un vaste potentiel non seulement pour aider à traiter un large éventail de maladies et d’affections gastro-intestinales, mais aussi pour changer la donne dans les domaines neurologique, immunologique, oncologique. Cependant, le développement des thérapies du microbiome est également confronté à de nombreux défis vis-à-vis des affaires réglementaires, des essais cliniques, de la fabrication, la préparation du marché et de leur lancement. Chez Alcimed, nous sommes prêts à vous aider à développer vos territoires inexplorés (par exemple, les réglementations, le dimensionnement du marché, les business cases, l’évaluation de technologies, etc.) sur les futures thérapies du microbiome ou à identifier vos partenaires de demain !


A propos des auteurs,

Chaoyue, Consultante et Christelle, Responsable de Mission dans l’équipe Santé d’Alcimed en France

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